晶体结构中的多面体往往是由理想多面体经扭曲得到的。一种常见的计算多面体扭曲程度的方法是统计所有键长的差别：

然而，如果所有键长相等，但键角不相等，则上述方法无法处理。

既然实际多面体可看作由理想多面体扭曲变形得到，那么必然存在一个与实际多面体最接近的理想多面体。如果找到了这个理想多面体，那么只需经历最少的变形，就可以得到实际多面体。

基于这一想法，PhD(Polyhedron Distortion)在线计算程序应运而生。输入实际多面体的配位坐标，不仅可以得到最接近理想多面体的配位坐标，还可以得到二者的差别程度(Merit)。可以利用Merit来表征多面体的变形。另外，还提供了该理想多面体中心原子与配位的距离。